بدأ تأسيس الجمعية في أوائل عام 1966 بتشكيل الجمعية التأسيسية، التي قامت بإعداد النظام الأساسي للجمعية، وتسجيلها رسميًا، واعتماد أنشطتها في الجمهورية العربية المتحدة.
ثم قامت الجمعية العمومية بانتخاب أول مجلس إدارة للجمعية، والذي عقد أول اجتماع له في 25 أغسطس 1966 بكلية الزراعة – جامعة الإسكندرية. وبعد تأسيسها، انضمت الجمعية إلى الاتحاد العلمي المصري كعضو نشط.
وفي وقت لاحق، تم نقل مقر الجمعية إلى كلية الزراعة – جامعة القاهرة، حيث تولى الأستاذ الدكتور الراحل مصطفى محمد فهيم رئاسة الجمعية.
وفي عام 1969، أصدرت الجمعية العدد الأول من مجلة الجمعية المصرية لأمراض النبات، والتي سلطت الضوء على أحدث الأبحاث العلمية التي قدمها المتخصصون في هذا المجال.